Over flere år er det blitt jobbet med å innlemme Nordnorsk Båtmuseum i Sør-Troms Museum. 6. september undertegnet styreleder i Stiftelsen Nordnorsk Fartøyvernsenter og Båtmuseum, Dag Sigurd Brustind, ordfører i Gratangen kommune Anita Karlsen og styreleder i Sør-Troms Museum Kjetil Bjørkelund en intensjonsavtale om å innlemme Nordnorsk Båtmuseum og Gratangen kommune i Sør-Troms Museum.
Virksomheten ved Nordnorsk Båtmuseum har, som et resultat av manglende finansiering, hatt redusert aktivitet siden 2010. Båtmuseet har i dag ingen fast ansatte og er kun sporadisk sommeråpent. Målet med samarbeidet mellom NNFA, STM og Gratangen kommune er at båtmuseet igjen skal kunne tilby helårlig virksomhet ved museet, ha fagstillinger og drive samlingsforvaltning, formidling og utvikling i tråd med nasjonale standarder. Båtmuseet skal kunne videreutvikles, og være en ressurs for befolkning, tilreisende, kommunen og relevante fagmiljøer.
I 2020 tok Troms og Finnmark fylkeskommune nytt initiativ til sammenslåing og denne gang har det resultert i positive vedtak om overføring av driften av båtmuseet til Sør-Troms Museum. Stiftelsen NNFA og kommunestyre i Gratangen har gjort vedtak om være en del av Sør-Troms Museum, og en intensjonsavtale mellom de tre aktørene er signert. Fylkeskommunen og kommunen har gjort vedtak vi mener det nå er grunnlag for å samle alle museene og kommunene i Sør-Troms i en museumsorganisasjon. Sammenslåingen er ikke realiserbart innenfor disponible ressurser. En konsolidering mellom Nordnorsk Båtmuseum og Sør-Troms Museum vil bare kunne realiseres med en statlig bevilling slik alle ande sammenslåinger har blitt gjennomført.